Calcul des heures supplémentaires en cas d’arrêt maladie : une nouvelle règle pour les salariés en temps de travail annualisé
Comment calculer les heures supplémentaires lorsqu’un salarié est en arrêt maladie pendant une période de forte activité ? La Cour de cassation répond à cette question dans un arrêt du 3 juin 2026 (n° 24-19.545). Les employeurs qui appliquent un aménagement du temps de travail sur plusieurs semaines (annualisation ou modulation) devront désormais adapter le seuil de déclenchement des heures supplémentaires afin de ne pas pénaliser les salariés absents pour maladie.
Arrêt maladie et heures supplémentaires : le salarié ne doit pas être pénalisé
Dans les entreprises qui pratiquent l’annualisation du temps de travail, l’employeur calcule les heures supplémentaires à l’issue d’une période de référence. Il ne les décompte pas chaque semaine.
Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie pendant une période de forte activité, l’employeur ne peut pas appliquer le seuil habituel de déclenchement des heures supplémentaires. Cette méthode ferait perdre au salarié une partie de ses droits.
La Cour de cassation rappelle que cette pratique n’est pas conforme aux règles applicables.
Le seuil de déclenchement des heures supplémentaires change en cas d'arrêt maladie
La Cour de cassation rappelle une règle claire.
L’employeur doit réduire le seuil de déclenchement des heures supplémentaires. Cette obligation s’applique lorsqu’un salarié est en arrêt maladie pendant une période de forte activité.
Pour appliquer cette règle, l’employeur calcule la durée de l’absence à partir de la durée hebdomadaire moyenne de travail.
Il retranche ensuite cette durée du seuil de déclenchement.
Enfin, il compare les heures réellement travaillées au nouveau seuil afin d’identifier les heures supplémentaires.
Comment calculer les heures supplémentaires en cas d'arrêt maladie ?
La Cour de cassation fixe une méthode de calcul en quatre étapes.
Les juges doivent :
- déterminer la durée de l’arrêt maladie pendant les périodes de forte activité en retenant la durée hebdomadaire moyenne de travail sur la période de référence ;
- retrancher cette durée du seuil de déclenchement des heures supplémentaires applicable dans l’entreprise ;
- décompter uniquement les heures réellement travaillées par le salarié ;
- considérer comme heures supplémentaires les seules heures accomplies au-delà de ce seuil recalculé.
Cette méthode protège les droits du salarié. Elle évite qu’un arrêt maladie réduise le nombre d’heures supplémentaires auxquelles il peut prétendre.
Quelles conséquences pour les employeurs ?
Les entreprises devront vérifier leurs pratiques.
Cette obligation concerne l’aménagement, l’annualisation et la modulation du temps de travail.
Elles devront adapter leurs logiciels de gestion des temps.
Elles devront aussi revoir leurs méthodes de calcul des heures supplémentaires.
Si elles ne le font pas, elles s’exposent à des rappels de salaire. Elles risquent également un contentieux devant le conseil de prud’hommes.
Pourquoi cette décision intéresse les élus du CSE ?
Pour les élus du CSE, cette décision constitue un point de vigilance.
Ils peuvent notamment vérifier :
- que les salariés en arrêt maladie ne sont pas désavantagés dans le calcul de leurs heures supplémentaires ;
- que les règles prévues par l’accord d’aménagement du temps de travail sont correctement appliquées ;
- que les outils de gestion du temps de travail tiennent compte de cette jurisprudence.
Cette question peut également être abordée lors des échanges avec l’employeur sur l’organisation du temps de travail ou à l’occasion de réclamations individuelles ou collectives.
Points clés à retenir pour les CSE
- Un arrêt maladie ne doit pas priver un salarié de ses heures supplémentaires lorsque le temps de travail est aménagé sur plusieurs semaines.
- Le seuil de déclenchement des heures supplémentaires doit être recalculé en tenant compte de la durée de l’absence, évaluée selon la durée hebdomadaire moyenne de travail sur la période de référence.
- Les employeurs doivent adapter leurs méthodes de calcul afin de respecter cette jurisprudence et d’éviter tout risque de contentieux.
- Les élus du CSE ont intérêt à vérifier l’application de cette règle, notamment dans les entreprises ayant mis en place un dispositif d’annualisation ou d’aménagement du temps de travail.
